Ngày 18/6/1963, Văn phòng Tổng thống gửi mật điện số 1432/VP/TT cho các những người có trách nhiệm ra lệnh tạm thời nhượng bộ phong trào Phật giáo, chuẩn bị dư luận để phản công đồng thời thanh trừng những nhân viên nhà nước ủng hộ Phật giáo. Một bản sao của mật điện lọt vào tay của Ủy ban Liên Phái.[32]

Chính quyền cũng hỗ trợ giáo phái Lục Hòa Tăng thành lập Tổng Hội Phật giáo Cổ Sơn Môn. Tổng Hội Phật giáo này gửi điện cho hội Phật giáo Tích Lan, tố cáo Tổng Hội Phật giáo Việt Nam đang lợi dụng danh nghĩa của hội Phật giáo Tích Lan hoạt động chính trị và yêu cầu tổ chức này lên tiếng phản đối. Hội Phật giáo Tích Lan khẳng định Tổng Hội Phật giáo Việt Nam không phải là chi nhánh của tổ chức này và phản đối những hành động kỳ thị tôn giáo của chính quyền Việt Nam Cộng hòa.[33]

Thông cáo số 3 (phổ biến nội bộ) của Thanh niên Cộng hòa do Ngô Đình Nhu chỉ huy cho rằng nội dung cũng như hình thức Thông cáo chung không phù hợp với chủ trương của Thanh Niên Cộng Hòa và trái với luật lệ hiện hành đồng thời phủ nhận quyền của Tổng thống trong vấn đề thả những người bị bắt.[33]

Ngày 26/6/1963, hòa thượng Thích Tịnh Khiết gửi thư cho Tổng thống Ngô Đình Diệm tố cáo các hành động kể trên là âm mưu chống Phật giáo, tố cáo chính quyền tiếp tục đàn áp Phật giáo, tố cáo Ngô Đình Nhu có ý định tổ chức cuộc biểu tình của Thanh Niên Cộng Hòa để yêu cầu chính phủ duyệt lại bản Thông cáo chung.[34]

Ngày 7/7/1963, chính quyền đem những người tham gia đảo chính ngày 11/11/1960 ra xét xử trong đó có Nguyễn Tường Tam. Điều này được Phật giáo cho là muốn đánh lạc hướng dư luận khỏi cuộc đấu tranh của Phật giáo.[35]

Ngày 9/7/1963, bộ Nội vụ ban hành nghị định 358-BNV/KS ấn định thể thức treo cờ Phật giáo cho Tổng hội Phật giáo Việt Nam. Tuy nhiên phía Phật giáo lại kết luận chính phủ đang gây chia rẽ giữa Tổng Hội Phật giáo Việt Nam và các phái Phật giáo khác.[36]

Ngày 11/7/1963, Ủy ban Liên Bộ thông báo cho Ủy ban Liên Phái biết theo điều tra của Bộ Nội vụ thì vụ thảm sát ở Huế ngày 8/5/1963 do cộng sản gây ra. Phía Phật giáo buộc tội chính quyền bưng bít sự thật.[36]